Primeiramente, certifique-se que o layout de partição atenderá o perfil de seu servidor. Recomendamos:

/swap com 4Gb (em sistemas de até 32 bits)
/boot com 200 Mega
/tmp com 4 Giga
/ com o restante do espaço

Após, editite o arquivo do yum, para impedir que ele atualize alguns pacotes de softwares:

nano /etc/yum.conf [ENTER]

Adicione no final deste a seguinte linha:

exclude=dev*   udev* spamassassin* httpd* mod_ssl* perl* mysql* php* kernel*

Salve o arquivo, e então:

 yum -y update

Nota: Isso geralmente deve ser ignorado quando a máquina é comprada ou alugada diretamente em algum Internet Data Center que entregue o CPanel pré-instalado.